Ende des 19. Jahrhunderts entstanden an deutschen Universitäts-Frauenkliniken und Frauenkliniken einiger Großstädte Gesellschaften für Geburtshilfe und Frauenheilkunde. Dabei wurde als Statut auch dasjenige der „Dresdner Gynäkologischen Gesellschaft“ verwendet bzw. als Orientierung genutzt. Während 1885 die „Deutsche Gesellschaft für Gynäkologie“ aus der „gynäkologischen Sektion" der „Gesellschaft Deutscher Naturforscher und Arzte“ hervorging, fusionierten die regionalen Vereinigungen in den folgenden Jahrzehnten zu Landes- oder überregionalen Gesellschaften. Hier wurden neben dem wissenschaftlichen Austausch auch die persönlichen Kontakte gepflegt sowie die fachliche Fortbildung und die Durchsetzung beruflicher Interessen gewährleistet.

Nach dem Zweiten Weltkrieg gab es eine Wiederbelebung der berufspolitischen Aktivitäten im Gebiet der vorhergehenden Mitteldeutschen sowie der Südostdeutschen Gesellschaft für Geburtshilfe und Gynäkologie. Die „Sächsische Gesellschaft für Frauenheilkunde und Geburtshilfe“, die „Medizinisch-Wissenschaftliche Gesellschaft für Geburtshilfe und Gynäkologie in Sachsen-Anhalt“ und die „Medizinisch-Wissenschaftliche Gesellschaft für Geburtshilfe und Gynäkologie in Thüringen“ wurden gegründet. Das wissenschaftliche Spektrum erweiterte sich unter anderem auf neue Bereiche der Perinatalmedizin, der gynäkologischen Endokrinologie und der Reproduktionsmedizin. Nach der Vereinigung Deutschlands stellten sich diese drei Regionalgesellschaften in Mitteldeutschland im Vergleich zu den übrigen sieben als relativ klein dar, was ihre Wirksamkeit beschränkte. Deshalb wurde der Wunsch unter ihren Mitgliedern immer deutlicher, eine Zusammenarbeit zu intensivieren.

In diesem Sinn wurden von den Vorständen der drei Fachgesellschaften und ihren Vorsitzenden (Prof. Dr. U. Köhler, Leipzig, Prof. Dr. F. Röpke, Halle, und Prof. Dr. U. B. Hoyme, Erfurt) Veranstaltungen einmal im Jahr gemeinsam vorbereitet und durchgeführt. Auf der „1. Gemeinsamen Frühjahrstagung“ 2004 in Leipzig und der „2. Gemeinsamen Tagung“ 2005 in Halle wurden auf noch getrennten Mitgliederversammlungen die Aussichten auf einen Zusammenschluss der drei Gesellschaften diskutiert. Eine schriftliche Befragung aller Mitglieder ergab im März 2006 eine große Zustimmung für eine Fusion.
Davon ausgehend wurde anlässlich der „3. Gemeinsamen Tagung“ in Erfurt am 20. Mai 2006 eine gemeinsame Mitgliederversammlung durchgeführt, auf der die Verschmelzung zur „Mitteldeutschen Gesellschaft für Frauenheilkunde und Geburtshilfe e.V.“ mit einer entsprechenden Satzung beschlossen und ihr neuer Vorstand mit dem Vorsitzenden Prof. Dr. W. Distler sowie der Beirat gewählt wurden.

Auf der Grundlage des Verschmelzungsvertrages wurden die Ressourcen gebündelt und neue Möglichkeiten der weiteren Entwicklung eröffnet. Am 5. Mai 2007 wurde die 1. Jahrestagung der Mitteldeutschen Gesellschaft für Frauenheilkunde und Geburtshilfe e.V. in Dresden erfolgreich durchgeführt. Es folgten weitere Jahrestagungen der MGFG in Leipzig (2008), Magdeburg (2009), Gera (2010), Leipzig (2011), Halle (2012), Jena (2013), Dresden (2014), Halle (2015), Erfurt (2016), Leipzig (2017), Magdeburg (2018), und Jena (2019). Die für 2020 geplante 14. Jahrestagung musste wegen der COVID-19-Pandemie auf 2021 verschoben werden.

Die Vorsitzenden der MGFG e.V.:
2006-2010      Prof. Dr. med. Wolfgang Distler (Dresden)
2010-2014      Prof. Dr. med. Ekkehard Schleußner (Jena)
2014-2018      Prof. Dr. med. Pauline Wimberger (Dresden)
ab 2018           Prof. Dr. med. Bahriye Aktas (Leipzig)

Ehrenmitgliedschaften:
Im Jahr 2014 wurde Prof. Dr. med. Wolfgang Distler (Dresden) zum Ehrenmitglied ernannt.

LODER-Medaille:
Seit 2013 wird als Ehrung der MGFG für besondere Verdienste um die Frauenheilkunde und Geburtshilfe in Mitteldeutschland die LODER‐MEDAILLE vergeben.

Die Preisträger waren:
2013 Prof. Dr. med. Diether Stech, Jena
2014 Prof. Dr. med. Wolfgang Distler, Dresden
2015 Prof. Dr. med. Friedrich Röpke, Halle
2016 Prof. Dr. med. Hans-Joachim Seewald, Jena
2017 Prof. Dr. med. habil. Karl Bilek, Leipzig
2018 nicht vergeben
2019 Prof. Dr. med. habil. Udo Hoyme, Erfurt
2020 nicht vergeben
2021 Prof. Dr. med. Michael Höckel, Erfurt
2022: Prof. Dr. med. Serban Costa, Magdeburg
2023: Dr. med. Peter Kentner, Erfurt
2024: Prof. Dr. med. Uwe Köhler, Leipzig